Introduction

The Secure Enclave has an extensive library of software available for your use. To learn more about a specific package, follow the links below. To request a software package be installed contact the OIT Help Desk (see https://help.utk.edu/). Please see the output of the “module avail” command for a more complete set of software installed either on the Open Enclave or Secure Enclave resources.

• AMET
• ATLAS
• BSG
• CAMX
• CHEMPS2
• DIAMORSE
• DICE
• GD
• ISIS
• MACS2
• MCIP
• MYSQL
• ORTHOFINDER
• REVBAYES
• SRATOOLKIT
• SU2
• VTK
• WGRIB
• WRF-CHEM
• WRF-WPS
• ABINIT
• ACF-LICENSE-MAN
• AFNI
• ALIPHYSICS
• ALIROOT
• ANACONDA2
• ANACONDA3
• ANT
• ARMADILLO
• ARPACK-NG
• ASTRA-TOOLBOX
• AUGUSTUS
• AUTOMAKE
• BANDUP
• BBCP
• BEDTOOLS
• BIOPYTHON
• BLAST
• BOOST
• BOWTIE2
• BUSCO
• BWA
• BX-PYTHON
• BZIP2
• CAFFE
• CAFFE2
• CANU
• CMAKE
• CMAQ
• CMAQ2CAMX
• COGSOFT
• COPASI
• CWORLD-DEKKER
• DAAL
• DAKOTA
• DASK
• DEEPTOOLS
• DIAMOND
• DMTCP
• DOS2UNIX
• DPLASMA
• EIGEN
• ELSA
• EMACS
• EPACTS
• ESPRESSO
• ESPRESSOMD
• FASTME
• FASTQC
• FASTTREE
• FERAM
• FFMPEG
• FFTW
• FLEX
• GAP2SEQ
• GEANT4
• GET_HOMOLOGUES_EST
• GIT
• GLOG
• GLPK
• GMP
• GNUPARALLEL
• GNUPLOT
• GO
• GOPENMOL
• GPFLOWOPT
• GRACE
• GRAPHVIZ
• GROCSVS
• GROFF
• GROMACS
• GSL
• GSTREAMER
• GTDBTK
• GTK-DOC
• GUROBI
• HADOOP
• HDF5
• HDF5-PARALLEL
• HIC-PRO
• HIGLASS
• HMMER
• HPC-BLAST
• HTSEQ
• HTSLIB
• HUMANN2
• HWLOC
• HYPRE
• ICED
• IDBA
• IMAGEIO
• IMAGEMAGICK
• IMBALANCED-LEARN
• IOAPI
• IPM
• IQ-TREE
• ITSTOOL
• JAVA
• JELLYFISH
• JULIA
• KERAS
• KERAS-TCN
• KNEADDATA
• LADSPA_SDK
• LAMMPS
• LAPACK
• LEFSE
• LEPTONICA
• LIBGD
• LIBIEC61883
• LIBTIFF
• LIBXLS
• LIFELINES
• LIGGGHTS
• LISENSE
• LLVM
• LUSCUS
• MAFFT
• MATPLOTLIB
• MAVEN
• MCL
• MEGAN
• MERCURIAL
• MESA
• METIS
• MLXTEND
• MOLCAS
• MOLDEN
• MONGODB
• MONGODB-COMPASS
• MONO
• MOTHUR
• MPC
• MPFR
• MPICH
• MUMMER
• MUSCLE
• MXML
• NAMD
• NCBI-VDB
• NCO
• NCVIEW
• NEPER
• NETCDF
• NEXTFLOW
• NGS
• NLOPT
• NMAP
• NUMPY
• NWCHEM
• OCAML
• OPAM
• OPENBLAS
• OPENDIEL
• OPENBABEL
• OPENCV
• OPENFOAM
• OPENMPI
• P4VASP
• PAIRIX
• PAIRSAMTOOLS
• PANDOC
• PAPI
• PARAVIEW
• PARMETIS
• PBGZIP
• PCRE
• PDFTK
• PERL
• PHYML
• PLANETOCOSMICS
• PLASMA
• PLOTICUS
• POSTGIS
• POSTGRESQL
• POVRAY
• PRODIGAL
• PROKKA
• PROTTEST
• PSI4
• PYCGNS
• PYGRAPHVIZ
• PYMONGO
• PYQTGRAPH
• PYSAM
• PYSCF
• PYTHIA
• PYTHON
• PYTHON3
• Q-ESPRESSO
• QCMAQUIS
• QIIME2
• QMCPACK
• R
• RAXML
• ROOT
• RSTUDIO
• RUBY
• SAMTOOLS
• SBT
• SCALA
• SCALAPACK
• SCIKIT-IMAGE
• SCIKIT-LEARN
• SCONS
• SIESTA
• SILO
• SINGULARITY_R_STUDIO
• SKEWER
• SKREBATE
• SMOKE
• SPADES
• SPARK
• SPDLOG
• SPRNG
• ST2
• STACKS
• STAR
• STATA
• STATSMODELS
• SUBVERSION
• SWIG
• SZIP
• TENSORFLOW
• TENSORFLOW-GPU
• TESSERACT
• TEXINFO
• TEXLIVE
• THEANO
• TIFFFILE
• TOPHAT
• TRANSDECODER
• TRANSRATE
• TRIMMOMATIC
• TRINITY
• TURBOMOLE
• UDUNITS
• USEARCH
• UTF8PROC
• VALGRIND
• VASP
• VMD
• VSEARCH
• XALT
• XGBOOST
• XML2
• XPDF
• XZ
• ZEPPELIN
• ZLIB